光學成像是分子和細胞生物學中流行的示蹤技術，其中熒光顯微鏡是研究細胞和亞細胞代謝活性（特別是活細胞）的有力工具。熒光探針標記的分析物在激發時發出熒光信號，并由熒光顯微鏡記錄信號。 

熒光顯微鏡易于操作，能夠實時且無創地追蹤分析物，并且與多形式樣品兼容。特別的是，熒光顯微鏡可以實時監測單個細胞的行為，這有利于觀察外泌體與細胞之間的相互作用。迄今為止，有機染料、遺傳編碼的熒光蛋白、免疫熒光報告基因和熒光納米材料已經用于標記外泌體。 

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